Ne vitin 1998 çeli dyert per studentet edhe nje dege e dyte Brenda Fakultetit te Marines,dega “Navigacion”. Kjo dege ngjalle interes te larte tek studentet dhe gjithashtu u ofron mundesi te medha punesimi te diplomuarve jo vetem ne Vlore, por ne te gjithe Shqiperine.
Ne kete dege sot studiojne 265 studente dhe ky numer eshte ne rritje.Kane marre diplomen e navigatorit gjithsej 134 studente.
Te diplomuarit ne kete dege mund te punojne si kapiten dhe asistent/kapiten anijesh, si agjent transporti dhe si kapiten porti. Me ndryshimet e tregut, navigatoret gjithashtu mund te punojne edhe si kontrollues te jetes ne det ose si menaxhues porti.
Studentet e kesaj dege ne vitin e trete ndahen ne dy grupe me kriter noten mesatare dhe keshtu me pas diplomohen ne nje nga dy profilet:
“Navigator per anijet Civile”
“Navigacion dhe Peshkim Detar”

Per studentet e diplomuar ne kurset e studimit N dhe NP sektoret e mundshem te punesimit jane:

  Rritja e volumit te transportit detar ka bere qe edhe numri I anijeve me pronar e flamur shqiptar te rritet, gje qe ka sjelle edhe kerkese te tyre te vazhdueshme per navigatore ne rolin e oficereve e deri ne ate te kapitenit te anijes, si dhe per Inxh. Naval. Programet mesimore dhe rrjedhimiht njohurite e marra ne FSHT perputhen plotesisht me kerkesat e tregut respektiv te punes. Si rezultat, te diplomuarit ne FSHT gezojne akses te plote ne kete treg.
 Perputhshmeria e programeve mesimore me universitete homologe perendomore, sipas Deklarates se Bolonje, do te beje qe te diplomuarait ne FSHT te kene akses edhe ne tregun e huaj te transportit detar, ne te cilin kerkesat per navigator jane te shumta.